Para assegurar a eficiência da realização dos processos principais na administração de serviços de saúde, a BIOGESP adota ferramentas atualizadas de gestão:
​
De apoio à Atividade Assistencial:
​
• Ambulatorial
• Urgência e emergência
• Internações
• Hospital-dia
• Cirurgias
• Auxiliares ao Diagnóstico e ao Tratamento
• Reabilitação física, motora e sensório-motora
​
De Apoio Administrativo: 
​
• Planejamento Estratégico
• Plano de Metas
• Gestão de pessoas
• Gestão de equipamentos e infraestrutura
• Gestão da informação
• Gestão da qualidade
• Gestão de materiais
• Gestão ambiental
• Hotelaria
• Assessoria jurídica
• Comunicação administrativa
• Assessoria de imprensa e marketing
• Gestão econômica e financeira
• Ouvidoria
 
De Apoio Técnico:
​
• Assistência Farmacêutica
• Assistência Social
• Assistência Nutricional
• Arquivo Médico
• Engenharia Clínica